A estrutura organizacional da Portos dos Açores, S.A., representada pelo seu organograma, traduz a forma de organização das suas unidades orgânicas, bem como as relações de hierarquia e comunicação existentes entre estas. A atual estrutura foi concebida para espelhar uma opção deliberada de afastamento do anterior modelo das Juntas Autónomas e das Administrações Portuárias tripolares, este último datado de 2003, tendo como objetivo cimeiro assegurar uma gestão transversal da Portos dos Açores, S.A., nas suas diferentes localizações no arquipélago, onde marca presença em 14 concelhos da totalidade das nove ilhas.
